Bidang - Bidang Yang Terkait Dengan Bioinformatika

Biophysics

Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur membutuhkan penggunaan TI.

Computational Biology

Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel.

Medical Informatics

Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri. Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”.

Cheminformatics

Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli biokimia.

Genomics

Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari gen di dalam genom yang representatif.

Mathematical Biology

Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun hardware.

Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul.

Proteomics

Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn [DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomics berkaitan dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka antara biokimia protein dengan biologi molekul”.

Pharmacogenomics

Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan untuk mengejar target potensial terapi kanker).

Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih “trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah pengumpulan informasi pasien dalam database.

Pharmacogenetics

Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi pengobatan.

Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya. Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan.

Sumber :

http://thedawillem.blogspot.com/2012/05/bidang-bidang-yang-terkait-dengan.html

Komentar Pribadi:

Setelah mengetahui bidang-bidang yang menerapkan bioinformatika di dalamnya, ternyata disiplin ilmu ini memiliki ruang lingkup yang sangat luas. Bioinformatika menggunakan tinjauan berbagai sudut pandang ilmu yang relevan dalam memecahkan masalah yang ada di berbagai bidang, seperti bidang-bidang di atas contohnya.

PENERAPAN BIOINFORMATIKA DALAM BIDANG BUDIDAYA PERAIRAN

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

Berikut adalah beberapa contoh penerapan bioinformatika dalam bidang

budidaya:

A. Teknologi ekspresi protein

Produksi protein rekombinan sedang hangat dalam bidang bioteknologi. Ada berbagai metoda yang dapat dipilih sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi),  sel insekta maupun transgenik. Banyak produk sebagai contoh hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur. Ekspresi antigen untuk pengembangan vaksin mewakili pula kegiatan dalam bidang ini.

B. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL

Teknologi “sidik jari” DNA dan pemetaan DNA semakin mempermudah perkembangan ilmu dalam akuakultur.  Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit. Pemetaan dan karakterisasi gen semakin dipermudah dengan adanya teknologi QTL (Quantitative Trait Loci).

C. Vaksin DNA

Kegiatan ini melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi. Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan  perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.

D. Chip DNA

Teknologi baru ini mampu menganalisa ekspresi ribuan gen dalam satu microchip. Teknologi ini berkembang pesat dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa genetik. Dalam akuakultur sudah ada beberapa grup riset yang menggunakan teknologi ini untuk meneliti ekspresi gen pada ikan.  

E. Proteomics

Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein (tingkat ekspresi,  interaksi, modifikasi setelah translasi dan lainnya) dalam skala besar untuk memperoleh pandangan jelas dan terintegrasi sebagai contoh untuk mengetahui proses yang menyebabkan penyakit, meneliti proses-proses dalam sel, networking pada skala protein. Teknologi ini adalah kombinasi dari elektroforesis “2D” polyacrilamide gel dengan spektrometer. Ditunjang oleh teknologi komputer untuk mengolah data dan bioinformatika, teknologi ini menjadi metoda yang cepat dan sensitif untuk mengetahui karakterisasi protein. Kesimpulannya teknologi ini bisa mengidentifikasi protein yang dapat berperan untuk penemuan obat, theurapeutics dan lainnya.

F. Teknologi Transgenik

Teknologi transgenik telah digunakan sejak 1980 dan sekarang berkembang memproduksi makhluk hidup dengan fenotip yang diinginkan. Dalam bidang akuakultur teknologi ini berguna untuk meningkatkan laju pertumbuhan ikan; mengatur kematangan gonad, diferensiasi sex dan sterilitas; meningkatkan resistensi terhadap pathogen; mengadaptasi ikan terhadap lingkungan baru (freeze resistance!); merubah karakteristik biokimia dari daging ikan sehingga menciptakan rasa daging yang diinginkan; mengubah jalur metabolisme sehingga terjadi efisiensi pakan.

Sumber :

http://muhammadrabdi.blogspot.com/2012/01/penerapan-bioinformatika-dalam-bidang.html

Komentar Pribadi :

Setelah saya membaca artikel di atas, menurut saya Bioinformatika merupakan gabungan disiplin ilmu antara ilmu biologi dan teknologi informasi. Gabungan keduanya sangat berguna untuk berbagai bidang, salah satunya pada bidang budidaya perairan yang menjadi topik pembahasan artikel ini. Salah satu contoh penerapanya adalah Teknologi Transgenik. Teknologi ini secara umum berguna untuk meningkatkan laju pertumbuhan ikan, yang berarti jika laju pertumbuhanya tinggi maka usia panen pada ikan akan semakin cepat dan pembudidya dapat melepasnya ke pasaran.

Mungkinkah Tenaga Manusia Digantikan Oleh Komputer Cerdas ?

Perkembangan era komputerisasi seperti saat ini sangatlah pesat, ini digamabrkan dari banyaknya aktivitas masyarakat yang menggunakan media Komputer dalam membantu  melakukan pekerjaannya sehari-hari. Hal lain yang menjadikan era komputerisasi berkembang pesat di tengah masyarakat adalah pembuatan system komputer  yang memiliki kecerdasan hampir mirip atau mendekati kecerdasan manusia sehingga dapat membantu pekerjaan manusia. Dengan hal ini apakah mungkin pekerjaan manusia dapat di komputerisasikan?

Salah satu contoh pekerjaan manusia yang digantikan manusia dapat kita lihat jika kita menggunakan atau masuk ke jalan bebas hambatan atau jalan tol. Ini dapat terasa ketika kita mengambil tiket di gerbang masuk tol, kita tidak akan melihat lagi petugas tol memberikan kartu tolnya,melainkan psisinya di gantikan oleh sebuah mesin atau Komputer yang sebelumnya telah di set untuk mengeluarkan tiket tol, setelah pengendara menekan sebuah tombol. Tentu saja dengan banyaknya gerbang masuk tol yang di lengkapi dengan system ini, maka akan mengurangi  tenaga kerja yang sebelumnya setia menanti di gerbang masuk tol. Namun untuk sekarang system ini belum berlaku untuk gerbang keluar tol, karena proses pembayaran tol masih menggunakan tenaga manusia yaitu petugas tol.

Dari contoh tadi mungkin akan menimbulkan banyak opini dari masyarakat bahwa system komputer atau mesin tadi lambat laun akan menggantika keberadaan manusia, tapi perlu kita ingat bahwa komputer cerdas itu adalah buatan manusia yang tentu saja berada di bawah kendali penciptanya. Mungkin lebih tepat dikatakan komputer cerdas diciptakan untuk membantu pekerjaan manusia bukan untuk menggantikan keberadaan manusia.

Penerapan Komputasi Modern pada Website Perusahaan “McDonald's Indonesia “

Dewasa ini, penerapan komputasi modern telah diterapkan di berbagai bidang, salah satunya adalah bidang kuliner. Dalam hal ini, saya akan membahas tentang penerapan komputasi modern pada website resmi dari perusahaan MCDonald’s Indonesia. Sebelum kita membahas websitenya lebih dalam , alangkah baiknya kita tahu apa yang dimaksud dengan Komputasi Modern?. Komputasi Modern dapat diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan permasalahan dari data input dengan suatu algoritma. Dalam hal ini, suatu bidang dapat dikatakan menerapkan komputasi modern jika memiliki salah satu  standart point, seperti di bawah ini:

a)    Akurasi

b)   Kecepatan

c)    Problem volume besar

d)   Modeling

e)   Kompleksitas

Selanjutnya, kita akan membahas beberapa bagian dari website MCDonald’s. Untuk dapat melihat website tersebut kita harus membuka link http://www.mcdonalds.co.id/  setelah itu, maka akan tampil halaman awal dari website tersebut.

 

Jika dilihat dari halaman awal website tersebut,  dapat dibayangkan setiap user yang menggunakan website ini akan merasakan kemudahan dalam mencari informasi yang diinginkan, seperti menu yang tersedia beserta harganya, lokasi restoran terdekat, cara pemesanan, serta tidak lupa pula promosi yang ditawarkan oleh perusahaan.

Selain itu, pada website ini juga terdapat layanan atau menu Pesan Online yang termasuk ke dalam komputasi modern. Dengan layanan ini, customer dapat memesan menu makanan secara online tanpa harus datang ke restoran. Proses kerja dari layanan ini dijalankan oleh komputer. Berikut tampilan layanan yang dimaksud:

Setelah muncul tampilan seperti gambar di atas, kita harus memasukan nama kota dan lokasi restoran yang ingin kita pilih, tentu saja dengan jarak terdekat dari rumah atau kediaman kita.

Setelah tadi kita mengisi nama kota dan lokasi restoran, selanjutnya akan muncul nama menu makanan beserta harganya, jika kita berminat dengan menu yang ada kita dapat mengetikkan jumlah pesanan yang kita inginkan, seperti pada gambar di atas.

Setelah itu, kita diminta untuk mengisikan data pembeli, seperti nama dan alamat yang akan dituju.

Selain itu, kita juga diminta memberikan informasi rute perjalanan tercepat dari lokasi restoran menuju tempat yang kita cantumkan sebelumnya. Seperti pada tampilan di atas.

Tahap yang terakhir dari proses pemesanan yang tadi telah kita lalui adalah akan tampil Detail Order dari transaksi pemesanan online yang kita lakukan, seperti gambar di atas.

Sumber: http://www.mcdonalds.co.id/ 

Komentar Pribadi:

Pada website MCDonald’s Indonesia yang termasuk ke dalam penerapan komputasi modern terdapat pada layanan pemesanan online. User/pelanggan dapat memesan makanan dan minuman secara virtual/online tanpa harus datang langsung ke restoran. Sistem layanan pada website perusahaan ini telah mengandung unsur-unsur yang merupakan penerapan dari komputasi modern. Proses pada layanan dikerjakan atau dilakukan oleh tenaga Komputer. Kelebihan yang ada pada website ini adalah dapat diakses atau digunakan dimana saja selama terhubung dengan jarinag internet dan juga interface pada website ini sangat menarik dan bagus, terbukti dengan merasa mudahnya user menggunakanya. Untuk kekurangan pada website ini mungkin hampir tidak ada kekurangan yang berarti, hanya mungkin pada menu lokasi restoran tidak tersedia serach engine, sehingga tidak dapat langsung menujukan lokasi yang kita inginkan.

Dengan demikian, adanya penerapan teknik komputasi modern pada website "McDonald’s Indonesia" sangat membantu pelanggan sehingga dapat memesan makanan dan atau  minuman secara cepat dan efisien.